Instytut realizuje programy w trzech zasadniczych obszarach: społecznym, gospodarczym i politycznym. Ważną rolę w działaniach instytutu zajmują programy edukacyjne, w tym edukacji poza-formalnej, gdyż jednym z zamierzeń Fundacji Instytut Europejski jest wzmocnienie zaangażowania obywatelskiego w Polsce i w Europie, a także rozwój przedsiębiorczości.